In un testo apocrifo del II secolo, Pietro si rivolge alla Maddalena con queste parole: « Sorella, noi sappiamo che il Salvatore ti amava più delle altre donne, rivelaci le parole del Salvatore... »

In altri codici apocrifi, Maria di Magdala è la destinataria di un messaggio segreto e personale da parte di Gesù.

Secondo lo gnosticismo, il movimento che tentò di trasformare il cristianesimo in un culto iniziatico per pochi eletti, la Maddalena era la suprema iniziata ai misteri di Cristo, colei che più di ogni altro discepolo aveva il cuore rivolto al regno dei cieli.

Nel cosiddetto Vangelo di Filippo leggiamo che la Maddalena era la compagna di Gesù e che questi la baciava sulla bocca.

Ma qual era allora il rapporto tra Gesù e la Maddalena?